Японский архипелаг населен уже десятки тысяч лет. Культура Дзёмон зародилась около 13 тыс. лет назад, вслед за последним ледниковым периодом. В те времена леса покрывали даже равнины, за исключением тех территорий, где растительность была уничтожена лесными пожарами. Главными способами добычи пищи были рыбная ловля, охота на оленей, медведей, кроликов и мелких птиц, а также сбор моллюсков и плодов растений. Затем, примерно 3 тыс. лет назад, с континента пришла технология выращивания риса. Это стало началом культуры Яёи, которая постепенно распространилась по архипелагу из западных его районов, изменив способы сельского производства и образ жизни людей.
Почти 2 тыс. лет назад правящий слой общества стал управлять отдельными локальными территориями; до сих пор можно видеть свидетельства той эпохи огромные могильные курганы кофун. За этим периодом последовало время планировки и строительства городов в районе Кансай, прежде всего, столиц Хэйдзёкё (Нара) и Хэйанкё (Киото). Введенная в эту пору система дзёри, предполагающая разбивку земли на регулярные участки, облегчила процесс выращивания риса. Архитектурные стили были позаимствованы с континента, но главным строительным материалом при этом оставалось дерево, вследствие доступности и обилия запасов этого ресурса. Буддизм распространился среди населения, не вытеснив при этом исконных синтоистских верований.
На протяжении почти всего периода Эдо (1603-1867) контакты с другими странами были запрещены в рамках государственной политики «закрытия страны» (сакоку). В это время в главных японских городах, таких как Эдо (нынешний Токио) и Осака, расцвела неповторимая народная культура и развились коммерческие традиции. Феодальные аристократы даймё получили право самостоятельного управления владениями хан на территории всей страны, а возведенные для них замки или города-крепости стали центрами торговли и религии. Передвижение в другие регионы, как правило, не разрешалось, что вело к дальнейшему обособлению местных диалектов и народной культуры. Большая часть населения проживала в деревнях. На крутых склонах гор устраивались террасные поля для выращивания риса и овощей. Дороги петляли между небольшими участками земли. Сельскохозяйственный труд был преимущественно ручным, крестьяне в западных областях иногда использовали волов, на востоке лошадей. Пищевой рацион людей того времени был богат морепродуктами, но не включал говядину, свинину и баранину. О пастбищах японцам также было неизвестно.
В 1853 г. в Японию прибыли «черные корабли» Американского флота, они потребовали у сёгуната прекращения политики изоляционизма и открытия страны для международной торговли. И двери открылись, началось движение к Реставрации Мэйдзи, случившейся в 1868 г. Город Эдо с центром в замке Эдо был переименован в Токио («Восточная столица»), он возглавил нацию в стремительном процессе модернизации по модели Запада. В 1872 г. был пущен первый поезд, и вскоре страну покрыла сеть железных дорог со множеством туннелей и мостов, пересекающих горные массивы и реки. Правительство стимулировало развитие образования и строило школы по всей стране. В период Реставрации Мэйдзи население Японии составляло примерно 30 млн. человек, но оно росло быстрыми темпами.
К началу XX в. урбанизация и индустриализация достигли значительного развития, в особенности в Токио, Йокогаме, Осака, Кобэ, Нагое и Фукуоке. Реализовывались в жизнь проекты мелиорации главных земель и улучшения состояния гаваней. В 1964 г. между Токио и Осака начали ходить сверхскоростные поезда синкансэн, что способствовало еще более интенсивному развитию региона вдоль этого крупного транспортного коридора. Сеть синкансэн достигла с тех пор многих районов страны, и на сегодняшний день железнодорожная транзитная система с центром в Токио является крупнейшей в мире. Некоторые железнодорожные линии локального значения, а также большая часть трамвайных путей были в недавнем прошлом демонтированы, и лишь немногие из них продолжают функционировать как дань ностальгическим чувствам горожан. Распространенным средством передвижения стал автомобиль, сеть скоростных автодорог обслуживает сегодня всю страну. Кроме того, для туристических целей построено множество дорог, проходящих сквозь горы. Ультрасовременные здания, нередко очень высокие, меняют облик японских городов, но в то же время существует движение за увеличение количества деревянных построек и смещение акцента на традиционные мотивы городского пейзажа.