Por ello, la Ermita Meiji no sólo necesitaba edificio sino también bosque. Honda decidió desarrollar los terrenos circundantes para que en 100 años aquel espacio abierto se convirtiera en un bosque. Su plan tenía dos fases.
En la primera fase plantaría los árboles que crecerían en el medio natural de Tokio. Para los árboles, Honda eligió ejemplares de hoja grande y perenne, como el shii (chinquapin), kashi (roble de hoja perenne) y kusu (alcanfor). Decidió mezclar estos árboles con ejemplares de hoja caduca, como el keyaki (zelkova) y kunugi (otra variedad de roble). Gentes de todas partes del país donaron árboles silvestres de hoja grande 365 variedades, en total 100.000 árboles. Unos 110.000 voluntarios llegaron a los terrenos para plantarlos.
La segunda fase consistió en la regeneración natural. La idea era dejar a la naturaleza que siguiera su curso tras el trasplantado. En otras palabras, permitir a los árboles que crecieran y se reprodujesen sin intervención humana. El trasplante quedó terminado en 1920, seis años después de la decisión de construir la Ermita. La fase de regeneración natural ha sido seguida desde entonces.
Lo que hacemos es vigilar el crecimiento de los árboles y ayudarles a mantenerse en un estado original, nos comenta Okizawa Koji, horticultor que administra el bosque de la Ermita. Cuando un árbol se cae se deja a descomponer en el mismo terreno. Así mismo, las hojas que caen se recogen y se ponen en los lechos de los árboles. Nada sale del bosque y nada se introduce de fuera. Todo se deja en manos de la naturaleza esa es la filosofía que subyace en la gestión de la zona arbórea.
Con la ley de ajuste, el número de variedades de árbol se ha reducido a 247. En la actualidad, crecen en la zona más de 170.000 árboles, el espacio arbóreo más grande de las 23 ciudades de Tokio.
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