후지산은 비교적 새롭게 형성된 균열이 많은 표면 층과 그 아래에 있는 고 후지화산에 의해 생긴 침투성이 낮은 이류층으로 되어 있다. 이 때문에 연간 강우량이 20억톤을 넘는 후지산에서는 대량의 비와 눈이 녹은 물이 일단 표층에서 산 내부 깊숙이 스며들어 땅 속 고 후지 이류층의 위를 흘러내려간다. 그리고 산기슭에 이르러 지표로 솟아나 처음으로 강과 호수가 된다.
또 산기슭에 펼쳐진 용암지대에는 표면이 차갑게 굳어진 후에, 안 쪽 고열 부분만이 앞으로 흘러나와 생긴「용암터널」이 그물처럼 펼쳐져 있다. 하루 500만톤 이상 되는 후지산 용수는 용암터널을 지나 더 멀리까지 운반된다. 이로 인해 후지산 주변에는 후지고코라 불리는 비교적 크고 수량도 풍부한 5개의 호수 이외에 오시노핫카이, 시라이토노타키, 가키타가와 늪지대, 와쿠타마이케라는 늪지대가 수없이 존재해 있다.
후지산의 지하와 그 주위에 확산된 광대한 용암지대는 바로 자연의 거대한 댐, 그 자체이다.