La superficie superior del Fuji tiene muchas grietas relativamente nuevas, en tanto que la capa inferior la forma un río de barro procedente del Ko Fuji Kazan. La capa de barro no permite pasar el agua fácilmente, de modo que gran parte de los 2 miles de millones de toneladas de agua de lluvia y nieve fundida que se filtra cada año por las grietas penetra hasta esa capa, y después brota en forma de manantiales cerca del pie de la montaña, formando lagos y ríos.

Cuando la roca fundida fluyó alrededor de la base de la montaña, formó campos de lava. Primero su superficie se enfrió y endureció, y luego parte del líquido interior rebosó hasta dejar atrás una red de túneles de lava. Ahora esos túneles son canales de agua natural que alimentan los extensos cinco lagos del Fuji y otros accidentes topográficos como los ocho estanques Oshino Hakkai, las cataratas Shiraito, los manantiales del río Kakita, y el estanque Wakutama Ike.

Los estratos interiores de la montaña, los túneles de lava y los inmensos campos de lava crean cursos de agua naturales y barreras que se asemejan a la infraestructura de la planta hidroeléctrica de una presa.