오키나와의 바다에는 200 종이 넘는 조초 산호와 1000 종 이상의 물고기가 서식하고 있어,「서식하는 생물의 다양성으로는 세계 최고」라고도 한다.

오키나와의 모든 섬들은 현재도 발달을 계속하고 있는 바다 속 산호초로 둘러싸여 있다. 또한, 일부의 섬은 해저의 산호초가 융기해서 생겼다. 요컨대, 오키나와는 그야말로 전체가「산호초의 섬들」인 것이다.

오랜 세월에 걸쳐 산호가 자라서는 죽고, 거친 파도에 깨져서 축적되고 하는 과정을 거쳐 산호초 지형이 생기게 된다. 이렇게 생긴 산호초 지형은 육지에서 멀리 떨어진 난바다에서 밀려 오는 파도가 부서지는 쇄파대(surf zone)가 되어 섬을 지키고, 하얀 파도는 바다 속에 보다 많은 산소가 녹아들게 한다. 그렇게 하여 생긴 산호초의 내측에는 오키나와 사투리로「이노」라고 부르는, 파도가 잔잔한 얕은 여울인 초호(礁湖, lagoon)가 형성되어 다양한 환경이 만들어진다. 그리고 각각의 환경에 맞게 다양한 생물이 서식하게 되는 것이다.

또한, 오키나와의 많은 섬들에서는 쿠로시오 해류가 직접 부딪치는 쪽이나 해류가 부딪치지 않는 부분이 있고, 각 부분마다 거기서 자라는 산호의 종류나 산호초의 형태도 변화한다. 이렇게 하여 생긴 복잡한 지형 또한, 아열대 기후인 오키나와에 서식하는 해양 생물의 다양성을 낳게 한 것이다.

앞바다를 흐르는 쿠로시오 해류에는 가다랑어나 참치, 만타 가오리나 고래 상어 등이 유유히 지나다니며, 섬들 주변은 혹등고래 번식지이기도 하다. 난바다와의 경계에서 성장을 계속하는 산호 군락에는 화려한 천연색의 열대어가 노닐고 있다. 아열대 생물의 보고인 오키나와에는 200 종류 이상의 조초 산호와 1000 종류 이상의 물고기들이 서식하는 것으로 알려져 있으며, 매년 새로운 종류의 물고기도 많이 발견되고 있다. 오키나와의 다양한 바다 속 생물이나 다이내믹한 해저지형을 보려고 해마다 일본 국내는 물론이며 해외에서도 많은 다이버들이 몰려든다.

그리고, 해안선과 산호초 사이의 조용한 초호에는 거머리말 등의 해초가 자라고, 거기에 치어나 작은 생물이 많이 서식한다. 때로는 초식동물인 바다소류듀공조차도 모습을 드러낸다. 또한, 오키나와의 바다는 산호초뿐만 아니라, 이리오모테지마(西表島)섬의 아열대 원시림이나, 섬에서 흘러나오는 강 하구역의 맹그로브 습지, 간석지, 모래 갯벌과 같이 해초가 많은 곳 등 다양한 환경이 형성된다. 국제습지조약(람사르 조약)에 등록된 습지도 있으며, 다른 생태계에 속하는 다양한 생물들의 모습을 볼 수 있다.

이처럼 오키나와의 풍요로운 자연 환경을 후세에 물려주는 것이 분명 일본인의 책임일 것이다.