富士山的整个地貌结构由两个部分组成，即形成年代较短、裂缝较多的地表层，和表层下面的泥流层。泥流层是因古富士火山活动而形成的地层，它较难渗水。富士山年均降水量在20亿吨以上，大量的雨水及融化雪水，先从表层渗入山地，然后沿古富士泥流层面向下流，当流到山麓地带后便涌出地表，从而形成河川和湖泊。
同时，喷火产生的熔岩在向四周流淌的过程中，表面冷却并凝固后，内面的高热部分则继续向前流动并形成所谓的“熔岩隧道”。在富士山麓辽阔的熔岩地带，“熔岩隧道”如网络般地遍布在表层下。据说富士山的地下涌水日均达500万吨以上，这些大量的地下涌水经由“熔岩隧道” 不断流向远处。因此，在富士山的周边，五个较大的湖泊（被称为富士五湖）拥有着丰富的水源。此外，忍野八海、白糸瀑布、柿田川涌水群、涌玉池等也都是富士山地下水的涌出之地。
富士山的地面下以及周边广阔的熔岩地带，称得上是一个巨大的天然地下水库。