일본열도는 태평양 플레이트, 북미 플레이트(오호츠크 플레이트라는 설도 있음),필리핀해 플레이트, 아무르 플레이트, 남해마이크로 플레이트 등 5개 플레이트 위에 놓여져 있다고 한다. 이들이 서로 충돌하거나 가라앉거나 하기 때문에 일본은 세계적인 지진화산국가로 알려진 것이다.
일본열도의 거의 중앙부에 위치해 있는 후지산은 그 중에 3개의 플레이트가 서로 교차하는 거의 정중앙에 위치해 있어 대규모의 분화를 매번 반복해 오고 있다.
현재 후지산은 2개의 오래된 화산 위에 만들어졌다. 지금으로부터 만여 년 전, 표고 3,000ｍ급의 「고 후지화산 」이 대량의 용암을 사방에 분출하기 시작했고, 이후 수천 년 동안에 걸쳐 고 후지화산과 바로 북동에 맞닿아 있는 또 다른 옛 화산 「고미타케카잔 」이 합쳐지면서 지금의 후지산의 원형이 탄생한 것으로 알려진다. 그 후에도 계속되던 분화가 아름다운 원추형인 지금의 산 모양을 완성시켰다는 것이다.
후지산의 분화활동은 이후에도 쉬지 않고 이어져 9세기로부터 11 세기까지 300여년간은 후지산이 가장 활발하게 활동하던 시대로 기록되었다. 그 중에서 864년 북서사 면에서 분화한 「죠간 대분화 」는 유사 이래 최대의 용암분출을 일으켰다.이 분화로 인해 북쪽의 산기슭 지형이 일변해 광대한 아오키가하라와 새로운 호수를 만들었다.

후지산 북서부에 펼쳐진 아오키가하라쥬카이. 면적 30 km2의 용암대지에 펼쳐진 원시림이다. (사진제공＝마이니치신문사)

12세기 이후 대분화는 잠시 사라졌다. 그러나 15세기 중반경부터 다시 활발한 활동기로 들어가 1707년에는 「호에이 대분화 」가 발생해 남동쪽 사면에 ３개의 분화구가 생기는 대폭발이 된 이 분화는 산기슭의 마을들과 논밭에 큰 피해를 가져왔을 뿐만 아니라, 동쪽으로 100km정도 떨어진 대도시 (현재의 도쿄)에도 많은 양의 화산재를 뿌렸다.
이후 후지산은 300년 정도 침묵을 지키고 있다. 그러나 화산폭발의 탄생에서 휴지까지 10만년 단 위의 시간이 걸린다는 화산은, 300년이라고 하는 시간도 한 순간이라 언제 또다시 분화한다 해도 이상하지 않다. 후지산은 아직도 분명히 살아있는 화산이다.