LArchipel japonais est habité depuis des dizaines de milliers dannées. Après la dernière glaciation, la culture Jomon est apparue, il y a près de 13 000 ans. A cette époque, le territoire, plaines comprises, était à peu près complètement couvert de forêts impénétrables, sauf de-ci de-là, lorsque des incendies naturels se chargeaient den défricher un peu. Lhomme tirait alors sa subsistance principalement de la pêche, de la chasse au cerf et à lours, du piégeage de petits animaux tels que lièvres ou oiseaux, et enfin de la cueillette des fruits de mer ou des arbres. Puis, il y a plus de 3 000 ans, la riziculture fut introduite depuis le continent, donnant naissance à la culture Yayoi, qui depuis louest gagna progressivement tout larchipel, changeant à jamais les styles de vie et les modes de production.
Il y a bientôt 2 000 ans, une classe dirigeante commença à asseoir son pouvoir sur des entités encore locales, force attestée encore aujourdhui par la présence de leurs énormes tertres funéraires appelés kofun. Après cette période, vint le temps de la création de villes dans la région du Kansai, en particulier les capitales successives de Heijokyo (Nara) et Heiankyo (Kyoto). Ladoption du système jori de division des terres arables en parcelles de taille régulière facilita grandement la riziculture. Des styles architecturaux furent introduits du continent, mais lon continua de construire en bois plutôt quen pierre, le bois constituant une matière première plus quabondante. Lon vit aussi le Bouddhisme se répandre parmi les gens du peuple, sans pour autant supplanter lanimisme Shinto originel et fortement ancré.
Pendant la majeure partie de la Période dEdo (1603-1867), la politique nationale disolement (sakoku) fit que le contact avec les pays étrangers fut complètement interdit. Dans ce contexte, une culture populaire originale et des traditions commerciales particulières prospérèrent dans les grandes villes telles quEdo (Tokyo aujourdhui) et Osaka. Les seigneurs féodaux, appelés daimyo, exerçaient leur autorité sur leurs domaines provinciaux (han) au centre desquels leurs châteaux et villes-châteaux attiraient des activités tant religieuses que commerciales. Limmobilisme à léchelle nationale touchait aussi la société : linterdiction de changer de région de résidence eut pour corollaire la préservation et lenrichissement des cultures et des dialectes locaux. La majorité des citoyens étaient des villageois. Des champs en terrasse, semés de riz ou de légumes, prirent dassaut les pentes raides. Loin de forcer un chemin rectiligne, les routes devaient contourner le moindre petit champ. La plupart des travaux agraires se faisaient à la main, avec parfois laide de bovins dans louest ou de chevaux dans lest du pays. Au menu, beaucoup de produits de la mer, mais pas de buf, de porc ni de mouton, pour lesquels il ny avait de toute façon pratiquement pas de pâturages disponibles.
En 1853, les Vaisseaux Noirs de la marine américaine arrivèrent en nombre, forçant le Shogunat à en finir avec sa politique disolement national et à ouvrir le pays au commerce extérieur. Bon gré mal gré, les verrous sautèrent, ouvrant la voie vers la Restauration de Meiji en 1868. La ville dEdo, repliée sur son Château, prit son envol, changea son nom en Tokyo (Capitale de lEst) et devint la capitale dune nation en pleine course vers la modernisation à la mode occidentale. Les trains commencèrent à rouler dès 1872 et lexpansion du réseau ferroviaire fut désormais sans limites, avec tant de tunnels à percer et tant de ponts à lancer pour mettre au pas montagnes escarpées et rivières tumultueuses. Le gouvernement agit en faveur de léducation et bâtit de nombreuses écoles dans tout le pays. La population, denviron 30 millions de personnes au moment de la Restauration de Meiji, commença à croître rapidement.
Dès le début du XXe siècle, urbanisation et industrialisation étaient bien avancées, en particulier dans les villes de Tokyo, Yokohama, Osaka, Kobe, Nagoya et Fukuoka. Sur les côtes, de grands travaux dassèchement et de creusement des ports débutèrent. En 1964, le lancement de la ligne de train ultrarapide Shinkansen Tokyo-Osaka apporta toujours plus de développement dans la mégalopole ainsi traversée. Le réseau de Shinkansen a depuis lors été étendu à la majeure partie du pays, tandis que le réseau ferré du Grand Tokyo est lun des plus importants au monde. Au niveau local en revanche, nombreuses sont les lignes de train et surtout de tramway qui ont été abandonnées, certaines ne survivant encore que grâce à lenthousiasme de quelques nostalgiques. Lautomobile est partout, le pays entier est sillonné dautoroutes et même les montagnes ne sont plus des sanctuaires, traversées quelles sont par dinnombrables routes qui font la joie des touristes motorisés. Des constructions ultramodernes qui parfois touchent le ciel ont changé le paysage urbain, mais lon cherche aussi à préserver les aspects plus traditionnels de la ville et ses beaux bâtiments de bois.