日本列岛被认为是座落在五大地层板块之上，即太平洋板块、北美板块（也有说是鄂霍茨克板块）、菲律宾海板块、阿穆尔板块以及南海微型板块。由于这些地层板块的相互冲撞或下沉等原因，使日本成为世界上有数的地震及火山国。位于日本列岛中央区域的富士山，几乎就是座落在上述其中三个地层板块相交处的正上方，因而在历史上曾不断地发生过大规模的喷火。
现在的富士山，是在两座古火山的基础上形成的。据说在大约一万年前，海拔3000多米的古富士火山开始向四周喷出大量的熔岩。在此后的数千年间，古富士火山不断喷火，几乎将紧靠其东北方的一座历史更久的火山—小御岳火山吞没，两座火山因此而成为一体，这就是富士山的原型。后来，持续的喷火，使富士山逐渐成圆锥型，形成一个姿态优美的山体。
富士山至今一直没有停止过喷火，从九世纪到十一世纪的300年间，是富士山活动最频繁的时期。尤其是在公元864年，山体西北斜面上发生的大喷火，即「贞观大喷火」，造成了有史以来规模最大的熔岩流。这次喷火，改变了富士山北侧的山麓地形，使这一带后来出现了一片广阔地带，即所谓的「青木原」，并形成了新的湖泊。

富士山西北部广阔的「青木原林海」。富士山周围30平方公里的熔岩高地，是一片茂密的原生林。 （照片提供∶每日新闻社）

十二世纪以后，大喷火暂时平静了下来。但是，从十五世纪中叶起，富士山又再度进入了活动期，在1707年，发生了「宝永大喷火」。位于东南斜面的三个火山口大爆发，此次喷火不仅使其山麓上的村庄和田地遭受到极大的灾害，而且，大量的火山岩灰甚至飘落到距离其东部约100公里的大城市—江户（即现在的东京）。
自那以后，富士山在将近300年内一直很安静。然而，就火山来说，其从诞生到消亡的生命周期是数十万年，而300年只不过是一瞬间，它随时都可能会再度喷火。今天的富士山，仍然是一座活着的火山。