На поверхности Фудзи имеется много сравнительно новых трещин, ниже расположен слой грязевых потоков, обязанный своим появлением вулкану Ко Фудзи Кадзан. Слой грязи затрудняет проникновение воды в расположенные глубже слои, поэтому почти весь объем дождевой воды и талого снега, просачивающихся в расщелины каждый год (а это более 2 млрд. т.), скапливается над грязевым слоем, а затем выходит на поверхность ближе к подножию горы в виде источников, образует озера и реки.

Когда расплавленные скалы спустились вниз и растеклись вокруг подножия горы, появились лавовые поля. Вначале поверхность остыла и затвердела, а затем часть жидкости вытекла наружу, оставив после себя сеть туннелей из лавы. Эти туннели играют сегодня роль каналов, подпитывающих Пять Озер Фудзи, а также восемь прудов Осино Хаккай, водопады Сираито, ручьи, текущие в реку Какита и пруд Вакутама Икэ.

Напластования, лежащие под поверхностью горы, туннели и обширные поля из лавы играют роль природных источников воды, а также барьеров, напоминающих по структуре плотины.