La surface supérieure du Fuji ne présente que relativement peu de fissures, alors qu’en dessous s’étend une couche de lave torrentielle résultant de l’activité du Ko Fuji Kazan. La couche de lave torrentielle ne laisse pas infiltrer l’eau facilement, ce qui fait qu’une grande partie des deux milliards de tonnes, et sans doute plus, des eaux de pluie et de fonte des neiges filtrant chaque année dans les fissures ne descendent que jusqu’à la partie supérieure de cette couche de lave pour ressurgir sous forme de sources à hauteur du pied de la montagne, et aller ainsi alimenter lacs et rivières.

Lorsque la roche en fusion s’écoula autour de la base de la montagne, elle alla constituer des champs de lave. D’abord, la surface durcit en se refroidissant, tandis qu’une certaine quantité de la matière intérieure toujours liquide suinta jusqu’à l’extérieur tout en laissant dans son sillage un réseau de tunnels de lave. Ces tunnels sont actuellement autant de canalisations naturelles venant alimenter les Cinq Lacs du Fuji, ainsi que d’autres éléments hydrographiques comme les huit étangs Oshino Hakkai, les chutes Shiraito, les sources de la rivière Kakita ou encore l’étang Wakutama Ike.

Les strates sous la montagne, les tunnels de lave et vastes champs de lave créent cours d’eau et barrières naturels ressemblant à l’infrastructure autour d’un barrage hydroélectrique.