ストーリーは、音楽家たちが次々と殺されるという事件から始まり、ひ害者はある有名な元ピアニストの教え子ばかり。そんな中、コナンと、幼なじみの蘭（らん）や仲間たちは、この元ピアニストが設計したという素晴らしい音楽ホールのオープン記念コンサートへ招かれます。

　コンサートの日、会場に入る直前に、コナンは何者かにおそわれて意識を失います。とつ然、ホールで大ばく発が起きますが、会場は防音設備になっているので、中にいる1000人以上の人たちは気づきません。そのころ、意識を失っていたコナンが目を覚まし、蘭たちのもとへ走り出します。コナンは、みんなを救うことができるのでしょうか。